鹿善继著述甚丰。计有《四书说约》三十三卷、《前督师纪略》十六卷、《后督师纪略》十卷、《认理提纲》一卷、《寻乐大旨》一卷、《车营百八答》(不分卷)、《寻声谱》一卷、《认真草》十五种二十二卷(十五种为：《金花始末》二卷、《马房本末》一卷、《籽粒本末》二卷、《扶孤始末》一卷、《箧余》一卷、《农曹草》一卷、《粤东盐法议》一卷、《福建盐法议》一卷、《归里草》一卷、《待放草》一卷、《典饷草》一卷、《枢曹草》二卷、《榆关草》三卷、《再归草》二卷、《奏常草》二卷)、《三归草》二卷、《麈谈》一卷、《无欲斋诗草》八卷(今佚一卷)；《明史·艺文志》著录有《鹿善继文稿》四卷；今存《鹿忠节公集》二十一卷、门人陈鋐编次《年谱》二卷。集中体现其儒学思想的，则为《四书说约》、《认理提纲》、《寻乐大旨》诸种。黄宗羲在《明儒学案》中记载：“先生读《传习录》，而觉此心之无隔碍也。故人问其学何所授受，曰：‘即谓得之于阳明可也。’”鹿善继甚有阳明学之担当情怀，其自述读《传习录》云：“我读《传习录》后发志愿担起这担子，力破流俗，一点一画，丝毫不敢假借，既见信于天下，然后渐宽绰。将来到如今，事到眼前，亦不大费安排了。”孙奇逢曾述其狂狷气象：“每与同侪谈说经旨，曲折尽变动中妙理，同侪谓其能记忆也。公对曰：‘只要是醒，如何要记？醒的如何？是我，则由我而周程而孔孟而汤文尧舜，无不觌面以相质，六经四书皆我注脚，夫岂有疑于心乎！’自是论交日盛。”《明儒学案》中记载：“首善书院之会，先生将入，闻其相戒不言朝政，不谈职掌，曰：‘离职掌言学，则学为无用之物，圣贤为无用之人矣。’遂不往。先生之学，颇近东林诸子，一无搀和夹杂，其斯谓之狂狷与？”而在鹿善继之学躬行实践甚得阳明“知行合一”之旨方面，世论有更高的评价：“窃惟公(善继)事事不亏本分，时时不愧本心，生平券此两语，学本姚江，而能以姚江所称‘将本体只作一番光景即弄者’为戒，故随其所在，必提本来之心，按当下之身，此日此时此事此心便可下手，此知行合一之功也。昔贤以濂溪为孟子之闻知，阳明为濂溪之闻知，诚千古不易之论，姚江而后，公其嗣响矣。榆关之行，南门之役，则又武侯所为鞠躬尽瘁，文山所谓成仁取义者也。”盖谓善继为阳明之“嗣响”真传。方苞立足于程朱立场，亦不得不对鹿善继躬行王学之“志节事功”大表钦佩，以为“其身心即由阳明氏以入，不害为圣贤之徒”，其发论云：“余尝谓自阳明氏作，程朱相传之统绪几为所夺，然窃怪亲及其门者，多猖狂无忌，而自明之季以至于今，燕南、河北、关西之学者能自竖立而以志节事功振拔于一时，大抵闻阳明氏之风而兴起者也……吾闻忠节公之少也，即以圣贤为必可企，而所从入则自阳明氏，观其佐孙高阳及急杨左诸公之难，其于阳明氏之志节事功，信可无愧矣。终则致命遂志，成孝与忠，虽程朱处此，亦无以易公之义也。用此知学者果以学之讲为自事，其身心即由阳明氏以入，不害为圣贤之徒。”盖谓鹿善继虽学宗阳明，却躬行实践，不蹈虚空，以节义自期而又事功显著，是超乎学派纷争之上，而深得儒者的真精神。

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