《素问六气玄珠密语》为论述五运六气之专书。内容概要，在序文中已有介绍：“此十卷书，可见天之令、运之化、地产之物、将来灾害，可以预见之。《素问》中隐奥之言，可以直而申之。可以修养五内，资益群生。有罚强补弱之门，有祛邪全正之法。故圣人云：‘天生天杀，道之理也’。能究其《玄珠》之义，见之天生，可以延生，见之天杀，可以逃杀。”

全书十六卷，共二十四篇。卷一，列五运元通纪篇，迎随补泻纪篇。卷二，列运符天地纪篇。卷三，列天元定化纪篇。卷四，列天运加临纪篇。卷五，列占候气运纪篇。卷六，列天罚有余纪篇、阴亏平正纪篇。卷七，列运临超接纪篇、运通灾化纪篇、灾祥应论纪篇。卷八，列南政顺司纪篇。卷九，列司天配轮纪篇。卷十，列正化令转纪篇、对司易正纪篇。卷十一，列司天间化纪篇。卷十二，列三元配轮纪篇。卷十三，列地应三元纪篇、地合运胜纪篇。卷十四，列胜符会对纪篇、灾郁逆顺纪篇。卷十五，列地土问物纪篇。卷十六，列五行类应纪篇、生禀化源纪篇。
是书论运气，一本于《素问》之说，对《素问》之七篇大论，有一定发挥。如“五运元通纪篇”云：“夫五运者，司气也，故居中位也。在天之下，地之上，当气交之内，万化之中，人物生化之间也。故运者，动也，转动也，即轮流运动，往来不歇也。于是太极始判，横五运于中，轮流至今，终而复始，圣人望而详之。自开辟乾坤 ，望具青气，横于丁壬，故丁壬为木运也；赤气横于戊癸，故戊癸为火运也；黄气横于甲己，故甲己为土运也；白气横于乙庚，故乙庚为金运也；黑气横于丙辛，故丙辛为水运也。故先五运，后配司天也，即当以司天为客也，运气为主也。在泉亦为客，居气间气为次客也。故五运之气，上合于天”。以上皆论五运六气之理。